Una nuova avventura porta il complesso rapporto tra gli agenti Fox Mulder e Dana Scully in nuove e inattese direzioni. Mulder continua nella sua affannosa ricerca della verità, e la razionale scienziata Scully si lascia, suo malgrado, conquistare dalla sua causa. Mulder vive nascosto a casa di Scully perché ricercato e ha anche cambiato il suo aspetto facendosi crescere la barba. L'FBI contatta Scully per chiedere al suo ex-partner di collaborare al caso di un'agente scomparsa. Mulder dovrà verificare l'attendibilità di un sensitivo e in cambio avrà il ritiro delle accuse.